Sonic'in huzurlu hayatı, geçmişten gelen gizemli bir sinyalin ortaya çıkmasıyla altüst olur. Bu sinyalin ardında, evrenin farklı noktalarından gelen tehlikeli bir gücün bulunduğuna dair işaretler vardır. Tails, sinyalin kaynağını araştırırken Knuckles olası bir saldırıya karşı hazırlık yapar. Sonic ise düşmanın gerçek amacını öğrenmek için bilinmeyen bölgelere doğru yola çıkar. Ancak keşfettikleri sır, yalnızca Dünya'yı değil, başka dünyaları da tehdit edebilecek kadar büyüktür.
